<Sarkasmus>Dankenswerterweise</Sarkasmus> hat Eclipse eine neue Einstellung bekommen, in dem gewissen Daten vom Kopieren in den Output-Folder ausgenommen werden können. Dass sich diese Einstellung unter Java > Compiler > Building befindet, fand ich erst nach langem Suchen hier: http://www.codecommit.com/blog/eclipse/wtps-crazy-and-undocumented-setting-change
Mein Problem: Bei der Entwicklung mit Wicket stehen die HTML-Seiten Seite an Seite mit den Java-Klassen. In den classes-Folder für die Web-Anwendung gingen aber nur die Klassen und nicht die HTML-Dateien. Da gestern auf einer anderen Eclipse-Version alles noch lief, war ich heute lange verzweifelt und kann glücklicherweise nach dieser Einstellung wieder an die Arbeit gehen.