Vor nicht allzulanger Zeit startete Eclipse mit Strg+F11 das letzte Programm. Dann änderte man dies und Eclipse versuchte automatisch das im Editor aktive Programm zu starten. Ich denke, dass diese Umstellung eher lästig ist und eines der ersten Sachen sein dürfte, die man abschaltet. Das geht so: In den Preferences unter Run/Debug > Launching den Schalter bei Always launch the … einstellen.