In den Java-Projekten haben sich unterschiedliche Verzeichnisstrukturen durchgesetzt. Je nach Komplexität ist eine einfache ausreichend oder eine starke Strukturierung gibt eine Vorgabe.
Eine einfache Vorgabe ist, die Order mit dem Quellcode und den übersetzten Klassendateien zu trennen. Die üblichen Ordnernamen für Java SE-Projekte sind src und bin. Entwicklungsumgebungen wie Eclipse übersetzten Java-Typen aus dem src- in den bin-Ordner und kopieren Ressourcen wie Bilder und Übersetzungsdateien bei jedem Build ebenfalls in den bin-Ordner. Eclipse unterstützte diesen Aufbau standardmäßig, wenn beim Dialog für ein neues Java-Projekt unter „Project Layout“ die Option „Create separate folders vor source and class files“ aktiviert ist.
Unter NetBeans ist die Standardstruktur etwas anders und eng mit dem Build-Tool Ant verbunden. Der Ordner src enthält die Standard-Klasen und Ressourcen, ein zweiter Ordner test die Test-Klassen und Ressourcen. Die übersetzten Java-Klassen nimmt der Ordner build/classes auf. Das Ergebnis des Builds, eine Jar-Datei im Fall eines einfachen Java-Projekts, steht im Ordner dist.
Einen deutlichen Schritt weiter geht die Anregung vom Build-Manager Maven. Es schlägt zwei Hauptordner src und target vor. Der src-Ordner enthält alle Quellen und Ressourcen und ein build übersetzt das Projekt in den target-Ordner. Maven empfiehlt, den src-Ordner weiter nach Artefakten zu unterteilen: main (eigentliche Applikation oder Bibliothek), test (Testfälle), demo (Beispiele). Unter diesen Artifakten-Ordnern folgenden weitere Unterordner. Der wichtigste Ordner ist für Java-Projekte java. Es kommen optional hinzu: ressources (für Ressourcen), config (Konfigurationsdaten), webapp (Dateien einer Web-Applikation). Für den Ausgabeordner target wiederum sieht Maven die Unterteilung in classes (übersetze Klassen aus src/main/java und Kopie aus src/main/resources), javadoc (Java-Doc von src/main/java), test-classes (Test-Klassen aus src/test/java und Kopie aus src/test/resources).