Zunächst liefert org.apache.commons.compress.compressors.bzip2.BZip2InputStream aus dem Apache Commons Compress (https://commons.apache.org/proper/commons-compress/) einen InputStream. Diesen übergibt man dann StAX:
InputStream fis = new FileInputStream( file ); // vielleich noch puffern
InputStream bz2is = new BZip2InputStream( fis );
XMLInputFactory factory = XMLInputFactory.newInstance();
XMLStreamReader parser = factory.createXMLStreamReader( bz2is );